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L’histoire chaotique de la naissance de son bâtiment n’aura donc pas eu raison de sa mission culturelle : présenter des expositions pluridisciplinaires reliant sciences et société, grâce aux deux millions d'objets hérités des musées d'Histoire naturelle et Guimet, d’un impressionnant squelette de Camarasaurus (un herbivore de près de 14 mètres de long !) à quelques éclats de pierre lunaire, en passant par une étonnante collection d’insectes de près de 900 spécimens. Inscrit dans le projet urbain de la pointe de la Presqu’île lyonnaise, au point de convergence du Rhône et de la Saône – d’où son nom –, l’édifice a été conçu comme un lieu vivant, de promenade, où glaner de la connaissance. Ainsi, le Crystal, vaste verrière de près de 40 mètres de long, fait office d’agora romaine et donne jusqu’à la pointe de la Confluence sans que le visiteur n’ait à passer par le musée en lui-même. Au-dessus, le Nuage, boîte noire géante en apesanteur de 11 000 mètres carrés divisée en quatre niveaux, accueille les salles d’expositions temporaires et permanentes, ces dernières, au nombre de quatre, ayant d’ailleurs été scénographiées par quatre créateurs différents. Ces deux éléments reposent sur le Socle, base de béton combinant deux auditoriums, réserves temporaires et autres pièces de service. L'aspect global engendré par le grand porte-à-faux de l'édifice est cependant loin d'être au goût de tous, bien souvent qualifié de « vaisseau spatial cabossé ». Mais avec près de 500 000 visiteurs attendus chaque année, le plaisir de la découverte aura peut-être raison des polémiques budgétaires et esthétiques qui ont accompagné la naissance tumultueuse du musée des Confluences !
